Excitarea, si in consecinta hiperexcitarea traumatica / stresanta, este mediata de sistemul limbic, care este localizat in centrul creierului, intre trunchiul cerebral si cortex. Aceasta parte a creierului regleaza comportamentele de supravetuire si de exprimare emotionala. Se ocupa in primul rand cu activitatile de supravetuire, precum hranirea, reproducerea sexuala si apararile instinctive de lupta sau fuga. Sistemul limbic influenteaza de asemenea procesarea mnezica.

Sistemul limbic are o relatie stransa cu sistemul nervos autonom ( SNA). El evalueaza o situatie, transmitand semnale catre SNA fie pentru a odihni corpul, fie pentru a il pregati pentru efort. SNA joaca un rol in reglarea muschilor netezi si a altor organe interne: inima si sistemul circulator, rinichii, plamanii, intestinele, vezica urinara, pupile. Cele doua ramuri ale sale, cea simpatica (SNS) si cea parasimpatica (SNP), functioneaza de obicei in echilibru reciproc: cand una este activa, cealalta este suprimata.

SNS este activat in principal in stari de efort si stres, atat pozitiv, cat si negativ. SNP este activat in primul rand in stari de odihna si relaxare.

Sistemul limbic reactioneaza la aspectul extrem al amenintarii traumatice, prin eliberarea unor hormoni care transmit corpului sa se pregateasca pentru o actiune defensiva. In urma perceperii amenintarii, amigdala transmite un semnal de alarma hipotalamusului ( ambele fiind structuri in sistemul limbic) care actioneaza asupra a doua sisteme: activeaza SNS si produce hormonul de eliberare a corticotoprinei (CRH). Aceste actiuni continua, fiecare cu o sarcina distincta, insa asociata. In primul rand, activarea SNS va provoca, pe rand, ca glandele suprarenale sa elibereze epinefrina si norepinefrina pentru a mobiliza corpul pentru lupta sau fugi. Acest fapt este realizat prin cresterea ritmului respiratiei si al batailor inimii pentru a furniza mai mult oxigen, trimitand sangele din piele in muschi pentru a asigura miscari rapide. In acelasi timp, in celalalt sistem, CRH activeaza glanda hipofiza sa elibereze hormonul adrenocorticotropic (ACTH), care va activa de asemena glandele suprarenale, de aceasta data pentru a elibera un hidrocortizon, cortizolul. Odata ce incidentul traumatic / stresant s-a terminat si/sau reactia de lupta sau fuga a avut succes, cortizolul va intrerupe reactia de alarma si  producerea epinefrinei/norepinefrinei,ajutand la restabilirea homeostazei corpului.

Rachel Yehuda, a decoperit faptul ca la persoanele cu traume / stres , glandele suprarenale nu elibereaza suficient cortizol pentru a intrerupe reactia de alarma a organismului.

In stari de trauma sau stres, perceptia realitatii se modifica, activand reactiile sistemului nervos de lupta, fugi sau incremenire ( imobilitate tonica). De aceea este important echilibrul intre SNS si SNP, precum si insusirea de noi tehnici de abordare a stresului / traumei. Armonizarea sistemului nervos autonom, ne permite sa accesam resursele interioare, sa restabilim contactul cu corpul nostru fizic si cu emotiile noastre.